Spor Toto 3. Lig'de 2012-2013 sezonu grup kuraları Ankara Marriott Otel'de yapıldı. Kura çekiminde TFF yöneticilerinin yanı sıra kulüplerin temsilcileri de hazır bulundu.
Spot toto 3.ligde mücadele eden İskenderun spor çekilen kuru sonucunda 2.gurup’a düştü.
Yapılan çekilişin ardından bu sezon 2. gurupta mücadele edecek olan İskenderunspor’un gurubu da şöyle oluştu.
İskenderunspor
Manavgat Evren seki
Hacettepe
Bursa Nülüfer
Belediye Bingöl
Adıyaman 1923
Batman Petrolspor
Adıyamanspor
Nememen Belediye
Gebze
Derince Belediye
Kilimli Belediye
Erzincan Refahiyespor
Silivrispor
Dardanelspor
Ümraniyespor
Sivas Dörteylül
Trabzon Yalı
Olarak guruplar belirlendi.